Les origines
Il semblerait que le territoire d’Allenjoie était déjà habité pendant la période du néolithique (pierre polie) et même auparavant. Les Gaulois et les Gallo-Romains ont certainement habité le village. La plaine située entre Allenjoie et Fesches-le-Châtel a, de tout temps, été un lieu de passage entre le Rhin et le Doubs.
Si certains affirment qu’Allenjoie a été au V°, VI° et VII° siècles la capitale d’une circonscription burgonde appelée Alsgau (d’où le village tire son nom), d’autres pensent plus judicieusement que les barbares de l’époque étaient un mélange d’Alamans et de Burgondes. Des cimetières occupés par des sépultures burgondes de guerriers enterrés avec leurs armes ont été découverts au lieux-dits « Sur le confluent », « Creu de la Bataille », « Champ dolent » et en limite de Brognard.
La première apparition écrite du village figure dans une bulle du pape Eugène III en 1148 sous la forme du patronage de l’église d’Allenjoie. Au début du moyen-âge, la seigneurie d’Allenjoie est partagée en trois fiefs qui ont pour suzerain le comte de Montbéliard. La famille de Belvoir possèdait le plus important et y établit la famille seigneuriale des Sancey avec Jean l’Avoué d’Allenjoie qui est présent en 1291. C’est son fils Guillaume qui fit construire le château qui était plutôt une maison-forte. La famille des Belvoir s’étant éteinte en 1358, le fief passe alors aux Cusance qui avaient aussi hérité d’un autre fief d’Allenjoie, celui du moulin. Passant de main en main, le fief et le château finissent par échoir en 1667 au baron Gueldrich de Sigmarshoffen, un gentilhomme de la cour du prince de Montbéliard. En 1743 c’est le sieur Röhlin de Colmar qui est propriétaire. Restaurée vers 1720, la maison forte devint une grosse ferme exploitée par un fermier anabaptiste. Après moult péripéties et destructions successives, le dernier propriétaire noble est le vicomte de Sainte-Suzanne qui cède ensuite ses biens qui sont partagés. A ce moment-là, la superficie totale de la propriété était encore de plus de 130 hectares (plus du sixième de la surface de la commune) et comprenait le moulin à blé et un bois. En 1796, tous ces éléments sont vendus comme biens nationaux à des paysans du village qui accédèrent ainsi à la propriété. Et c’est en 1961-62 que disparaît le dernier vestige du « château d’Allenjoie », la tour dont le toit percé de toutes parts menaçait de s’effondrer.
Toponymie : les noms successifs
Alisiacium(869) – Alingia (1096) – Allenjoya (1148) – Allongois (1275) – Alanjoye (1489)
Si rien n’est vraiment sûr, on peut cependant noter qu’un lien étroit unit les termes d’Alsgau ou Elsgau (Ajoie), Allan et Allanjoie. Dans des actes notariés du XVII° et XVIII° siècles figurent les noms : Alanjoye, Alenjoye, Allenjoye.
Au début du XX° siècle, on écrivait indifféremment Allenjoie et Allanjoie.
En patois, c’était Allandjô et les habitants étaient les Allandjô